关系也是相当可疑，魏忠贤重修西山碧云寺，叶向高为之撰记，对魏忠贤大为称颂。魏忠贤杀王安，叶向高也上疏指斥王安，支持魏忠贤。东林干将周宗建上疏弹劾魏忠贤，叶向高又压制周宗建，称赞魏忠贤“即满腹诗书者不能道，奈何以不识字自谦哉”，事情不了了之。以东林后来的标准，叶向高肯定够上逆案名单，而且名在前列。

  杨涟一事，叶向高也是试图将东林和阉党双方都压下，杨涟等人遂痛恨叶向高，有些东林甚至认为叶向高是阉党智囊。叶向高自己在奏疏中批露：“举朝哄然，即臣等亦被其指摘。甚者疑为忠贤画策，当以焦芳同传矣”。

  于是随着王化贞这个导火索，

  杨涟和叶向高的矛盾已经不可调和了.

  【这一点，当年明月这位著名作家还感慨了一番——实际呢，我觉得这位

  著名作家看世界纯是文学家的视角，根本不知道政治斗争的复杂性，以为东林党就是一个严密的组织，结果很多事都没看懂】天启二年（1622年）二月，明政府将王化贞、熊廷弼逮捕听候审理，后经刑部和大理寺的审判，二人处以死刑。杨涟、左光斗等人上书替熊廷弼辩解，与此同时，为了保护自己的老师叶向高，王化贞和魏忠贤勾结，让魏忠贤得以用受赂的罪名击倒杨涟左光斗等人，杨涟左光斗一派的东林党人皆入大狱，然后纷纷被杀…….

  魏忠贤能速胜东林党，和东林党内东林党人中的叶派,和杨涟左光斗等人的杨派内斗，无法形成合力，有着巨大的关系.

  而由于王化贞倒戈，不但保住了自己的性命，叶向高也得以辞官，算是逃过了牢狱之灾……

  当然因为叶向高威望极高，杨涟左光斗等人的杨派其实都是叶向高提携，保护的，甚至可以说没有叶向高，就没有东林党，虽然阿谀魏忠贤，东林党人也不敢把叶向高说成是阉党，而且叶向高和杨涟左光斗等人的杨派关于熊廷弼王化贞谁承担主要责任的斗争，也是为了自保，情有可原，不过王化贞这个导致东林党全盘崩溃的叛徒，就无论如何不能说是东林党了，甚至有人把他说成是阉党【虽然这哥们一直到崇祯五年（1632）被斩首时，之前一直在蹲大牢，魏忠贤都没救他出来】.

  政治这东西，大人物才有权选择自己的立场，在文贵武贱的明朝，毛文龙只能被东林，被阉党，由于王化贞反戈一击，成为东林党的眼中钉肉中刺，于是毛文龙就不幸的被打成东林叛徒，甚至阉党的门人，被开除出东林党了——当然，这只是一部分东林党人，比如钱龙锡等人的意见，而孙承宗和钱谦益等东林党人依然认为毛文龙是东林党人，钱谦益曾作〈寄东江毛总戎文龙〉，孙承宗曾作〈塞翁吟〉诗词来肯定毛文龙的功劳.